Na początku program Montessori może wydawać się trochę nieustrukturyzowany. Metoda Montessori opiera się na indywidualnym podejściu do każdego ucznia, nie oznacza to jednak, że podopieczni mogą robić, co im się żywnie podoba. Tak jak wszyscy uczniowie, dzieci montessoriańskie uczą się w duchu kulturowego konceptu, łączącego niezbędną wiedzę i umiejętności.
Nauczyciele Montessori nie tylko uczą dzieci podstaw, ale także umożliwiają zgłębianie tematów, które są dla dzieci szczególnie interesujące. To pozwala uczniowi w dużej mierze ustalić własny plan nauki podczas lekcji.
Na poziomie wczesnej edukacji do programu wprowadza się wyraźne wskazówki i odpowiednie metody, które systematyzują i ukierunkowują wiedzę 4–5-letnich dzieci. Gdy podopieczni osiągną już wiek 5 lat, placówka wprowadza swego rodzaju system, dzięki któremu uczeń może śledzić, co już osiągnął i jakie zadania jeszcze przed nim stoją (praca na projektach, osobiste portfolio).
Dzieci na poziomie szkoły podstawowej pracują z rozpisanymi planami nauki. Taki plan uwzględnia jedynie zadania, które należy zrealizować, ale nie określa, ile czasu trzeba na nie poświęcić i w jakiej kolejności powinno się je wykonać. To dziecko samodzielnie o tym decyduje. Poza tymi podstawowymi, indywidualnie dopasowanymi zadaniami dziecko może zgłębiać tematy, które go ciekawią i pobudzają wyobraźnię, a także dzielić się nimi z kolegami z klasy.